Cabaran bahasa Melayu sebagai bahasa ilmu dapat dilihat secara jelas dalam IPTA apabila bahasa Inggeris masih menguasai segenap bidang ilmu sebagai bahasa pengantar bidang itu. Akibat daripada impak ini pelbagai masalah telah timbul.
Akta Universiti dan Kolej Universiti telah menyatakan bahawa bahasa Melayu dijadikan sebagai bahasa pengantar di peringkat pengajian tinggi. Cadangan kerajaan ingin melaksanakan penggunaan bahasa Inggeris dalam pengajaran sains dan teknologi diperigkat pengajian tinggi merupakan cabaran yang paling getir bagi bahasa melayu sebagai bahasa ilmu.
Pada tarikh 6 Mei 1995, Perdana Menteri masa itu iaitu Tun Dr. Mahathir Mohamad memberi kenyataan dengan mengatakan bahawa kerajaan perlu membenarkan keputusan tersebut dilaksanakan sekiranya inginkan peningkatan dalam bidang sains dan teknologi. Pernyataan tersebut bersifat amaran bahawa Akta Universiti dan Kolej Universiti 1971 akan di pinda untuk melaksanakan penggunaan Bahasa Inggeris sebagai bahasa pengantar di peringkat pengajian tinggi. Sekiranya akta ini masih kekal, hal ini bermakna pensyarah dari negara luar tidak dapat mengajar di Malaysia untuk mengembangkan ilmu.
Pengguasaan bahasa Inggeris para pelajar amat rendah merupakan faktor utama timbulnya salah faham ini. Kenyataan tersebut menyebab kekecewaan kerana bahasa Inggeris perlu dipelajari sekiranya ingin menimba ilmu pengetahuan dari luar dan berhubung dengan dunia luar. Sememangnya mempelajari bahasa Inggeris amat penting terutama untuk mencari ilmu pengetahuan, khususnya dalam bidang sains dan teknologi. Malahan kenyataan ini diperakui oleh golongan yang memperjuangkan bahasa Melayu. Oleh sebab itu, negara kita perlu mengetahui lebih daripada bahasa kebangsaan dan bahasa tempatan yang lain.
Pemilihan bahasa Inggeris sebagai bahasa asing untuk dipelajari tidak dipersoalkan. Walaubagaimanapun, tindakan-tindakan yang dijadikan langkah untuk mengatasi masalah ini menjadi masalah kepada sesetengah pihak. Walaupun langkah tersebut bertujuan untuk mengukuhkan lagi kedudukan bahasa Inggeris di Malaysia tetapi tindakan tersebut telah mencabar dan melemahkan kedudukan bahasa Melayu.
Tambahan lagi pelajar yang belajar sepenuhnya dalam bahasa Melayu semasa di alam persekolahan mengalami kekecewaan kerana apabila mereka berada di peringkat pengajian tinggi tidak dapat memperolehi ilmu dalam bahasa Melayu. Ternyata cabaran pengambilan tugasan bahasa Inggeris sebagai penganti bahasa Melayu mengajar sains dan teknologi di peringkat IPTA merupakan cabaran yang getir kepada bahasa Melayu.
Langkah mengehadkan penggunaan bahasa asing dalam sistem pendidikan negara kita pasti dapat membantu kita mengatasi masalah ini.